Це місто вперше згадується в літописах під 1211 роком, але задовго до цього місто на р. Гнізна було одним з найбільш укріплених удільних центрів Галицько-Волинського князівства. Відомо, що в 13 ст. місто належало польському королю Лешку Білому (до 1219 р.)

Коли під стіни міста 1474 року підійшла татарська орда, захисники Збаража згоріли разом з фортецею — але не підкорилися. За це татари знищили замок, розібрали по камінчику навіть мури. Ще раз зруйнували татари місто в 1598 р.

З 1636 р. Збараж належить до магнатів Вишнівецьких —так як колишній власник міста, пан Збаразький не мав ні дітей, ні спадкоємців. (дет. в статті "Збаразьке князівство")

Найбільше місто відоме подіями періоду Українсько-польської війни 1648-57 рр., а саме облогою 1649 р. В 1649 р. війська Хмельницького взяли в облогу сильний польський гарнізон у Збаражі. На допомогу оточеним вийшла добірна армія, керована самим королем Яном ІІ Казимиром. Гетьман атакував поляків під Зборовим (це недалеко від Збаража) і мало не взяв короля у полон. На заваді став союзник Хмельницького кримський хан Іслам-Гірей, що пригрозив, що перейде на бік Яна Казимира, якщо бойові дії не будуть припинені. Результатом став Зборівський договір, за яким реєстр козацького війська було скорочено з 60 до 40 тисяч, а в складі гетьманської держави залишились Київське, Чернігівське та Брацлавське воєводства, поділені на полки. Волинь, Поділля та Полісся відійшли до Польщі. Під мурами Збаразького замку загинув корсунський наказний полковник С. Морозовицький (Н. Морозенко), був тяжко поранений Іван Богун. 1707 року тут побував Петро І.

На околицях міста тривають археологічні розкопки; віднайдені мезолітична стоянка (8 тисяч років до нашої ери), поселення трипільської, черняхівської, Лука-Райковецької, давньоруської культур, могильник 8-9 ст..